Yayasan Penabulu didirikan di Jakarta sejak tahun 2002, dan disahkan oleh notaris Riana Hutapea, notaris di Jakarta, melalui Akta No. 1 tertanggal 22 Oktober 2003 dan dikukuhkan melalui SK Menteri Hukum dan HAM RI No: C-435 HT.01.02.TH 2004. Sejak berdirinya, Penabulu telah meletakkan visinya pada keberdayaan organisasi masyarakat sipil Indonesia.
Pada periode pertama 2002–2009, Penabulu menemukan momentumnya yang pertama, dengan fokus penguatan pada aspek pengelolaan keuangan organisasi nirlaba. PSAK 45 atau Pernyataan Standar Akuntansi Keuangan Nomor 45 yang dikeluarkan oleh IAI tentang Pelaporan Keuangan Organisasi Nirlaba yang mulai diberlakukan efektif sejak tahun buku 2000 (kemudian direvisi pada tahun 2011) menjadi latar belakang utama kerja penguatan Penabulu pada periode tersebut. Berbasis standar pelaporan keuangan tersebut, tuntutan akuntabilitas organisasi nirlaba mulai disuarakan dengan kuat terutama oleh lembaga donor, penyumbang sumber daya terbesar organisasi masyarakat sipil Indonesia. Periode tersebut ditutup dengan pengembangan komunitas keuangan LSM, ruang berbagi pengetahuan dan literasi dengan sentuhan teknologi informasi dan komunikasi yang kala itu didorong berkembangnya era web interaktif 2.0, web yang memungkinkan adanya interaksi online antar anggota komunitas.
Visi
Masyarakat sipil Indonesia yang berdaya
Misi
Mendorong keberdayaan dan keberlanjutan posisi dan peran organisasi masyarakat sipil di Indonesia melalui upaya penguatan kapasitas dan kapabilitas organisasi; mobilisasi, pengelolaan dan penyaluran sumber daya; pengembangan kemitraan setara antar sektor pembangunan serta penggalangan partisipasi dan keterlibatan publik seluas-luasnya.
