Dilatar belakangi oleh sekelompok professional dibidangnya masing-masing mengenai masalah penyalagunaan zat. Pada tahun 2010 mulai membentuk sebuah organisasi bernama PEKA yang berkomitmen untuk membantu mengatasi permasalahan tersebut yang berintegrasi dengan program pencegahan HIV/AIDS. Karena PEKA bekerja dengan pendekatan berbasis bukti, maka layanan pertama dimulai pada ketergantungan zat dengan program rehabilitasi perintis yang terintegrasi dengan Harm Reduction (HR), dalam pengaturan perawatan sukarela di Indonesia.
Pada tahun 2014, PEKA memulai kegiatan bantuan hukum untuk membantu kelompok pengguna terkait masalah hukum penggunaan narkoba. Selain itu, PEKA juga bekerja mengumpulkan dan mempelajari pendekatan alternatif selain pendekatan hukum. Inisiatif ini kemudian berkembang menjadi lembaga bantuan hukum di bawah PEKA pada tahun 2016.
Sejak 2017, Perkumpulan PEKA Medan memiliki wilayah kerja di kota Medan dan sekitarnya. PEKA Medan focus berkegiatan di bidang penjangkauan dan pendampingan pengguna Napza, advokasi, serta layanan rehabilitasi orang dengan gangguan penggunaan zat.