Yayasan Penabulu didirikan di Jakarta sejak tahun 2002, dan disahkan oleh notaris Riana Hutapea, notaris di Jakarta, melalui Akta No. 1 tertanggal 22 Oktober 2003 dan dikukuhkan melalui SK Menteri Hukum dan HAM RI No: C-435 HT.01.02.TH 2004. Sejak berdirinya, Penabulu telah meletakkan visinya pada keberdayaan organisasi masyarakat sipil Indonesia. Misi Penabulu adalah mendorong keberdayaan dan keberlanjutan posisi dan peran organisasi masyarakat sipil di Indonesia melalui upaya penguatan kapasitas dan kapabilitas organisasi; mobilisasi, pengelolaan dan penyaluran sumber daya; pengembangan kemitraan setara antar sektor pembangunan serta penggalangan partisipasi dan keterlibatan publik seluas-luasnya.
Untuk mencapai misinya, Penabulu mengembangkan cabang di Kalimantan Utara, dengan fokus pada peningkatan kapasitas OMS dan Pemerintah Daerah khususnya pada aspek perencanaan dan penganggaran pembangunan yang berbasis ekologis, terlibat dalam upaya pelestarian lingkungan dan pemanfaatan berkelanjutan sumber daya alam khususnya pada wilayah hutan dan mangrove, dan juga bekerja pada isu-isu kesehatan masyarakat antara lain isu kesehatan ibu dan anak dan eliminasi TB.
