YSI sebagai Lembaga Swadaya Masyarakat (LSM) bersifat non-laba didirikan oleh aktivis gerakan sosial yang memiliki kesamaan spirit solidaritas kemanusiaan untuk membangun perdamaian dalam tata kehidupan yang adil dan beradab. Para aktivis ini kemudian mendirikan YSI pada tanggal 30 April 2005 yang berdomisili di Jalan Bimokurdo No. 11, Sapen Yogyakarta. Program awal YSI adalah penguatan kapasitas dan kinerja organisasi masyarakat sipil (OMS) di Papua dan Kalimantan Barat, kemudian diikuti dengan respon tanggap darurat dan rehabilitasi paska bencana tsunami di Aceh. Setelah itu, YSI menjalankan mandat organisasi dengan pemberdayaan masyarakat marjinal di Aceh Timur, Aceh Barat, Nagan Raya, Yogyakarta, dan Jawa Tengah.
Visi
Mitra inovasi pemberdayaan dan advokasi masyarakat marjinal di Indonesia yang bermartabat
Misi
Melakukan pemberdayaan dan advokasi masyarakat marjinal di Indonesia menjadi tangguh
Wilayah Kerja: Kepulauan Mentawai, Kupang, Sabu Raijua, Yogyakarta
