Sejak awal berdirinya organisasi sudah memutuskan untuk berafiliasi menjadi anggota Jaringan GWL-INA karena memiliki tujuan yang sama yaitu pergerakan dalam isu HIV/AIDS serta hukum dan HAM terutama yang berkaitan dengan kelompok Gay, Waria dan LSL (GWL). Untuk memperluas pergerakannya dalam isu HIV/AIDS organisasi ini berafiliasi dengan Jaringan Indonesia Positif pada tahun 2016.
Satu Hati Sulawesi Utara dalam menjalankan program-programnya pernah bekerjasama dengan beberapa yayasan, organisasi dan stakeholder lainnya seperti COC Netherlands, BRSODH “Wasana Bahagia” Ternate, Kementerian Sosial, LBH Manado, Aliansi Jurnalis Independen Manado, Tifa Foundation, Dinas Kesehatan Kota Manado dan Provinsi Sulawesi Utara, Yayasan Batamang Plus, Outright International, GWL-INA, Jaringan Indonesia Positif, Crisis Response Mechanism (CRM), dan lainnya.
