Yayasan Kebaya Yogyakarta berdiri tahun 2006 adalah Yayasan Nir Laba yang bergerak di isu HIV / AIDS, dukungan perawatan ODHIV dalam shelter dan ODHIV luar shelter, Advokasi dan Permberdayaan Transpuan di Yogyakarta. Yang resmi dengan AKTE Notaris No.23 Tanggal 17 Oktober 2018, SK.MenkumHAM RI No.AHU-00141516.AH.01.04.2018. NPWP : 86.205.179.4-541.000.
Yayasan Kebaya Yogyakarta menjangkau pelayanan sebanyak 365 transpuan di seluruh DIY. Dan dengan program yang di jalankan dari lembaga donor Yayasan Kebaya Yogyakarta memberikan bantuan stimulant bagi 13 UMKM transpuan yogyakrta dan 4 CU ( Credit Union ) komunitas transpuan. Hal ini merupakan sebagai bentuk salah satu misi Kebaya dalam peningkatan sosial ekonomi bagi komunitas transpuan di Yogyakarta.
Yayasan Kebaya Yogyakarta juga sebagaiĀ Shelter ODHIV yang saat ini menampung dengan daya tampung 7 orang ODHIV.