Yayasan Penabulu didirikan di Jakarta sejak tahun 2002, dan disahkan oleh notaris Riana Hutapea, notaris di Jakarta, melalui Akta No. 1 tertanggal 22 Oktober 2003 dan dikukuhkan melalui SK Menteri Hukum dan HAM RI No: C-435 HT.01.02.TH 2004. Sejak berdirinya, Penabulu telah meletakkan visinya pada keberdayaan organisasi masyarakat sipil Indonesia. Misi Penabulu adalah mendorong keberdayaan dan keberlanjutan posisi dan peran organisasi masyarakat sipil di Indonesia melalui upaya penguatan kapasitas dan kapabilitas organisasi; mobilisasi, pengelolaan dan penyaluran sumber daya; pengembangan kemitraan setara antar sektor pembangunan serta penggalangan partisipasi dan keterlibatan publik seluas-luasnya.
Untuk mencapai misinya, Penabulu mengembangkan cabang di Yogyakarta, dengan fokus pada penguatan kemitraan publik – sektor swasta, riset aksi kebudayaan desa, perbaikan tata kelola desa, pengembangan kerjasama antara CSO dan universitas melalui pengembangan program magang, penyusunan kurikulum bersama, dll.
